衛生應急指揮系統是在政府的公共衛生信息網絡平臺上進行功能擴充，將疾病與突發公共衛生事件監測信息、醫療救治信息、衛生監督執法信息和相關信息集中在統一的網絡平臺上和展示在GIS平臺上，采用科學的危機處理方法、先進的信息處理技術和現代的管理手段，實現對突發事件的辨別、處理和反應及對事件處理全過程的跟蹤，承擔突發事件相關數據采集、危機判定、決策分析，命令部署、實時溝通、聯動指揮、現場支持等功能，以在最短的時間內對危機事件做出最快的反應，最有效地動員和調度各種資源，采取最優的措施預案，進行指揮決策。
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